O jogo mantém muitas características do seu predecessor, mais algumas novidades. O jogo possui, ao todo, 305 personagens de 41 diferentes séries de mangás (dentre os quais 56 são lutadores selecionáveis) publicados na revista Shonen Jump, em comparação com os 160 personagens (dos quais 34 eram lutadores selecionáveis) de 27 séries diferentes em Jump Super Stars.
A jogabilidade se baseia em torno do uso de Koma ("painel" em japonês, referindo-se a cada um dos quadros de um mangá) que representam personagens, para criar uma grade de 4 blocos por 5. Existem vários tipos de Koma, variando de um a oito blocos.
Há três tipos de Koma que podem ser usados em uma luta: batalha (Battle), ajuda (Help) e suporte (Support). Cada um destes tipos tem uma importância diferente em um deck, e são todos utilizados na batalha:
